为了使食用菌达到高产、优质、抗逆性强、适应性强以及满足某些特殊要求的育种目的，在食用菌育种中，人们采取了包括选择育种、诱变育种及杂交育种等常规手段，以及采用原生质体技术，分子生物学技术等新的育种手段。

1、选择育种  选择育种是目前获得新菌种的一种最常用的方法，其实质是广泛搜集品种资源，积累和利用在自然条件下发生的有益变异。这样通过长期的去劣存优的选择作用，不断淘汰那些不符合人类需要的菌株，保留那些符合人类需要的菌株，就可逐步形成符合人类需要的新的菌株。食用菌多是以菌丝的营养繁殖为主要繁殖方式，一个种的性状是通过菌丝体的繁衍来维持和逐代传递的，所以选择应侧重于在不同菌株间进行而不是在同一菌株的后代中进行。

此外由于人工选择不能改变个体的基因型，而只是积累并利用自然条件下发生的有益变异。所以要使选择育种产生效果，除了细心观察现有品种中产生了明显有益变异个体外，更主要的是要广泛收集不同地域、不同生态型的菌株，以便从大量菌株中去粗取精、弃劣留优，筛选到适合人们需要的菌株。

从自然界现有菌株中选择培育新品种大体包括如下步骤：品种资源的收集→纯种分离→生理性能的测定→菌株比较试验→扩大试验→示范推广。目前我国有许多优良品种均是由此方法获得的。如 “北京猴头菌1号”新菌株，具有转潮快、朵大、肉实等优点；耐低温型草菇菌株“V20”，子实体分化发育温度比一般草菇低3～4℃，对外界适应性强，日平均气温22℃子实体能正常分化发育。使草菇的栽培范围扩大，延长种植季节，提高经济效益； “开化木耳”，现已成为浙江、安徽、江西，湖北等地区的黑木耳主栽品种。

2、诱变育种  诱变育种是利用物理或化学诱变因子诱发食用菌遗传性变异，通过对突变体的选择和鉴定培育新品种的方法。

诱变育种大体包括如下步骤：出发菌株→制备孢子悬浮液→诱变处理→涂布培养皿→挑菌移植→斜面传代→试验、示范、推广。